Если говорить про проект Seedok at Home и то, как он соотносится с проектом Folding at Home Ну, поясню, существует довольно старый проект Folding at Home, который во время коронавируса перепрофилировался на то, чтобы в основном решать задачи, подобные Seedok'у, да, тоже поиск лекарств, белков, которые могли бы взаимодействовать с коронавирусной инфекцией и помогать с ней бороться. При этом Folding at Home выпустил прямо свой расчетный модуль, который можно скачать себе на компьютер и за счет рекламы со стороны Nvidia, который рекомендовал своим пользователям подключиться к Folding at Home за счет того, что люди действительно хотели помочь ученым бороться с коронавирусной инфекцией, этот проект стал довольно популярным, причем, в общем-то, настолько популярным, что суммарная мощность внутри Folding at Home, наверное, превысила мощность в Boeing Да, здесь есть эффект использования именно GPU-вычислений, но тем не менее. Как Seedok соотносится с Folding at Home? Да, Folding at Home замечательный проект, который действительно собрал огромные мощности, и в нем решается немножко другая научная задача. В Folding at Home моделируется процесс сворачивания белка. В Seedok at Home мы используем уже конечное состояние белка. То есть, это как раз отражено даже в названии. Seedok — это про докинг, а Folding — это просто то, как он сворачивается. Да, и вот молекулярный докинг проводится именно уже с конечной моделью белка, когда он уже свернулся нужным образом. То есть, они, возможно, мишенью ставят какую-то часть, момент, когда белок еще не свернулся, да? Ну, на самом деле, насколько я читал про Folding at Home, они не только с коронавирусом борются, да? То есть, коронавирус — это у них одна из задач, которая довольно хорошо была популяризирована. Но при этом они занимаются еще в целом вопросами изучения сворачиваемости белков, моделирования, качества этого моделирования и так далее. Подозреваю, что они моделируют, потом в лаборатории проверяют и, возможно, даже после этого меняют какие-то модели для того, чтобы дальше моделировать правильнее. Да, интересный проект и всегда интересно читать его новости. Какие дальнейшие планы проекта Seedok at Home не с точки зрения именно поиска лекарства, а с точки зрения развития самого проекта? То есть, вычислительных модулей, возможно, новых каких-то направлений использования девайсов и так далее? Ну, у нас есть несколько направлений дальнейшей работы. Одно из них связано с тем, о чем я уже упоминала — разработка такой универсальной системы для универсального интерфейса, для виртуального скрининга, который смогут использовать любые коллективы биологов. Мы надеемся, что вот такая система поможет разным группам, в том числе совсем небольшим группам исследователей, проводить виртуальный скрининг. Еще одно направление дальнейшей работы связано с разработкой модулей визуализации результатов, возможно, подключением уже существующих. И таким образом участники проекта смогут наблюдать на сайте в интерактивном режиме, что мы сейчас считаем. Если говорить об исследовании других заболеваний, то славянские биологи также планируют искать лекарства от вируса Эбола. Это не настолько распространенное заболевание, но также очень тяжелое и социально значимое. Интересно, откликнется ли сообщество добровольных вычислений на такую новую задачу? Классно. Мне кажется, будет количество людей, которые откликнутся на это. Я вот смотрю про то, как помочь проекту. Естественно, первое — это скачать Боинг, установить его, подключиться к проекту Сидок. Второй вариант — есть возможность донатить в проект просто деньги со своей кредитки PayPal, Этериум, Биткоин. Куда будут использоваться эти донаты? Все вот эти собранные средства мы планируем использовать для проведения экспериментов в лаборатории. То есть сами соединения необходимо покупать, проводить эксперименты, как-то обрабатывать результаты. Вот на это все требуется финансирование. Этим, наверное, будут заниматься славянские коллеги, в первую очередь. Да, да. PayPal там указан именно вот славянского коллеги Марка, и, соответственно, они получают все вот эти вырученные средства. И, кроме того, сейчас появилась новая такая интересная инициатива Science Initiative. Они создали товары с символикой Боинг. Наш проект участвует вот в этой инициативе. И люди могут заказать в интернете футболки, кепки и другие товары с символикой нашего проекта. Подскажу, как это найти. На сайте Сидока в разделе Community заходим на форум. Там есть news. В news есть недавняя буквально новость про Boeing merchandise. И вот там можно будет найти ссылку, где можно купить эту футболку. Вырученные деньги частично пойдут на развитие Boeing, что тоже очень важно. Возможно, на оплату работы программистов и на другие нужды, связанные с развитием платформы Boeing в целом. Но также часть этих денег пойдет и на развитие проекта. То есть на финансирование экспериментов в лаборатории. Я вот смотрю еще из статистики, что прямо сейчас в проекте участвует порядка двух с половиной тысяч пользователей. Суммарное количество компьютеров это порядка шести тысяч. На самом деле это гигантское число. То есть это прямо целый дата-центр. Юзеры могут объединять нескольких людей. У меня, например, так сказать, семейный аккаунт, к которому подключены сразу несколько человек. И я на самом деле участвую в Сидок через Science United. То есть это планировщик задач, который позволяет шарить компьютер в автоматическом режиме сразу в несколько проектов. Мне просто так удобнее, потому что у меня есть Mac, у меня есть Linux, у меня есть Windows. И мне довольно сложно сидеть и с каждым разбираться, куда его подключить. Science United позволяет как бы сделать так, чтобы каждый компьютер использовался в соответствии с тем, есть ли расчетная задача именно для него, с учетом его GPU, с учетом его операционной системы и так далее. Есть еще несколько вопросов. Что вы хотели бы получить от государства или от большого бизнеса? То есть чем чиновник какой-то или крупный бизнесмен мог бы вам помочь? Было бы, конечно, очень полезно получить возможность проводить эксперименты в лаборатории. То есть нужен контакт с какой-то группой биологов, которым это тоже интересно. И финансирование для закупки соединений и проверки. Наверное, какого типа лаборатория я смогу узнать только у славянских коллег? Или вы тоже можете ответить на этот вопрос? Да, наверное, этим занимаются сейчас славянские коллеги. Просто дело в том, что на протяжении более чем 10 лет работы мы пока не нашли российских коллективов, которые, в принципе, занимаются исследованиями. Вот разработка лекарств, которым был бы полезен Boeing и с которыми мы могли бы сотрудничать. Было бы, конечно, интересно найти такие проекты и начать с ними работу. Что наиболее вероятно, если бы был какой-то совместный грант, совместное финансирование для такой совместной работы. На что вы потратили бы деньги, если вы получили, например, грант в размере миллион рублей или 10 миллионов рублей? Недавно наша команда получила грант от фонда содействия инновациям. Это грант на разработку программной системы для проведения виртуального скрининга. И эта система будет основана на наших наработках, в том числе из проекта CDOC at Home. Немаловажно, что это будет открытая общедоступная программная система. И любой коллектив биологов сможет ее использовать, свободно использовать эту систему и использовать в том числе ресурсы обычных настольных компьютеров, которые он будет подключать к этой системе при помощи Boeing. Звучит классно. Будут ли результаты этого продукта использоваться в самом CDOC? Мы надеемся, что да. В частности, мы хотим реализовать в этой системе некоторые алгоритмы более быстрого и точного поиска перспективных химических соединений. И в частности, вот этот грант дает нам возможность реализовать и внедрить эти алгоритмы. Это то, на что раньше в предыдущие годы не хватало финансирования и времени. Сейчас наша команда сможет реализовать некоторые наработки. Это тоже очень хорошо. Может ли человек с бэкграундом в компьютерных науках, компьютер-сайенс, в информатике подключиться к проекту и быть вам чем-то полезен? Да. Сообщество добровольных вычислений, оно славится не только энтузиастами, но и также хорошими программистами. И CDOC at Home, как и во многих других проектах, используется расчетный модуль с открытым исходным кодом. Это программа молекулярного докинга. В частности, ее активно развивают славянские коллеги. И человек, любой желающий, может подключиться к разработке исходного кода. В частности, к переносу на новые платформы, которые пока не поддерживаются. Например, переносу на GPU или другие платформы. В общем, ребята, если вы хотите что-нибудь полезное замутить на GPU, есть, если я правильно понимаю, выложенный в опенсорс, скорее всего, на гитхабе расчетный модуль, да? Он ориентирован на CPU, его надо переделать по GPU. Правильно понимаю? Да-да, есть такая задача. И это увеличит мощности проекта, которыми располагает Сидок довольно сильно. В общем, это жутко полезная работа, которую можно сделать. Если человек обладает именно бэкграундом в области биоинформатики, то он может также поучаствовать в разработке вот этой именно биологической части модуля. То есть там реализовать какое-то более точное моделирование межмолекулярных взаимодействий. Это тоже очень приветствуется, и мы всегда рады новым специалистам, которые будут внести вклад в это программное обеспечение. Даже если студент, он может быть полезен? То есть для него это может быть какой-то хорошей стажировкой или там темой для его будущей диссертации? Ну, вообще, да. При разработке такого программного обеспечения там возникает много новых тем, которые могут стать основой для диссертации и вообще для научной работы. Это может быть какая-то визуализация результатов, обработка результатов и еще много чего интересного. Может ли быть, ну, с техническими специалистами понятно, а может ли быть в проекте полезен гуманитарий? Мне кажется, что гуманитарий тоже может быть полезен в проекте. Он мог бы помочь писать интересные научно-популярные заметки о том, что происходит в проекте, какое лекарство мы ищем, для чего. Может быть, собирать какой-то дайджест новостей из данной предметной области. То есть, если вы маркетолог, СММщик, человек, который хочет получить опыт в копирайте, да, то имеет смысл подключиться к проекту, возможно, через форум, возможно, напрямую написать Наталье Никитиной, если вы не против, мы оставим ссылку на ваш Вконтакте для того, чтобы подключиться к проекту и быть в нем полезен, даже если вы не имеете каких-то мощных компьютеров, не хотите их тратить, не имеете опыта разработки, вы можете быть вполне полезна, как человек, который помогает общаться с сообществом, строить его, делать наглядные материалы и просто распространять эту информацию, чтобы больше людей подключалось, причем не только на русском, но и на других языках. Да, кстати, еще следует упомянуть, что интересный вклад внес мой коллега, который занимается изучением итальянского языка, он перевел на итальянский язык некоторые разделы сайта и презентацию, и это очень заинтересовало итальянское сообщество, и мы получили много вклада компьютеров итальянских участников, так что такой вклад тоже может быть очень полезен. Классно, да, если вы просто, например, изучаете японский язык, то просто взять материалы и перевести их на японский язык, чтобы больше японских пользователей могло получиться, это тоже жутко полезно. Это действительно полезно, интересно и привлекает много новых участников. Подозреваю, что вы свой домашний компьютер тоже используете для распределенных вычислений. Да, у меня считаются и наши проекты, и несколько других проектов, например, о комьюнити грид. Расскажите, пожалуйста, на каких компьютерах считаете и какие проекты, это тоже довольно такой стандартный вопрос, который я задаю всем гостям и надеюсь буду задавать и дальше. Ну, у меня обычный стандартный компьютер с Windows 10, а на работе компьютер с Linux. На работе компьютер более современный, в нем 16 ядер, и он достаточно мощный. И мне больше всего нравятся проекты, связанные с поиском лекарств, поэтому у меня подключены проекты World Community Grid и Rosetta at Home, ну и, конечно, наши проекты тоже. А World Community Grid это, по-моему, проект в каком-то смысле сборная солянка, да, то есть там внутри довольно много самых разных конкретных проектов, которым идут вычисления, и вы подключены просто ко всему World Community Grid или вы внутри выбрали какие-то проекты, которые вам наиболее интересны? Да, World Community Grid это зонтичный проект, у него есть несколько направлений, и сейчас я подключена ко всем из них. Но несколько лет назад мне особенно нравился проект, который был направлен на разработку лекарства от рака, и в нем интересно то, что биологам удалось значительно продвинуться в разработке лекарства от этого вида рака. Они провели масштабные эксперименты в Boeing, ну вот в World Community Grid, и результаты показали очень хорошую эффективность в лаборатории, если не ошибаюсь, на мышах. И, конечно, вот такие новости очень сильно мотивируют меня и, думаю, что многих других участников тоже, и дальше участвовать в распределенных вычислениях и предоставлять ученым свои мощности. Вы используете только CPU или GPU тоже? Ну, я пока использую только CPU. Некоторые люди боятся подключаться, потому что думают, что их компьютер может перегреться или сломаться. Что вы об этом думаете? Ну да, здесь можно заметить, что современные компьютеры, как правило, обладают некоторыми системами саморегуляции, которые вовремя предотвратят излишний перегрев. Я бы даже сказал, что там куча систем саморегуляции, которые начинают тротлить его, то есть замедлять, просто отключают его и так далее, если что-то пойдет не так. Да, поэтому не следует бояться и лучше попробовать разные проекты. Другой вопрос, что в различных проектах задания могут иметь свою специфику. Например, где-то могут быть задания, которые сильно загружают процессор, но не загружают оперативную память. А где-то может быть наоборот. И возможно, что вашему компьютеру больше подойдет какой-то конкретный проект. Поэтому есть смысл попробовать разные проекты, если вас что-то не устраивает в нынешних, и подобрать тот, который наиболее оптимально загружает ваш компьютер. А не мешает ли Boeing обычной работе, то есть использованию компьютером? И если не секрет, то какие настройки Boeing клиента вы используете? Ну, то есть 100% CPU, 100% GPU отключаться при использовании или что-то такое? Обычно и на рабочем, и на домашнем компьютере я позволяю Boeing использовать все 100% работы ресурсов процессоров и оперативной памяти. И он не мешает мне в моей деятельности. Да, Boeing успешно регулирует сам себя. И если он видит, что процессор занят какими-то моими задачами, он приостанавливает свою деятельность. Это очень удобно, потому что можно не задумываться, что работает Boeing, можно не заморачиваться с тем, чтобы его переключать или вообще отключать. Можно просто заниматься своими делами. Ну и для тех, кто может каким-то специализированным вещами занимается, там в Boeing клиенте есть такая настройка, когда Boeing просто отключается каждый раз, когда ты подходишь к компьютеру. То есть, по сути, он будет работать только тогда, когда ты не используешь компьютер. Это такая идеальная основа. Тем, кто боится перегрева, я бы порекомендовал поставить, например, использование не 100% компьютерного времени, а, например, 50. В таком случае Boeing работает только на 50% мощности компьютера, и это не должно вызвать никаких проблем. С GPU посложнее. GPU пока из-за того, что они все разные, и там не так много настроек. Там, по сути, просто или использовать GPU, или нет. Хотя вот в некоторых проектах я видел специальные команды для терминала, которые позволяют заставить использовать GPU активнее. В том смысле, что обычно там идет расчет, условно, в один поток многопоточных вычислений, а эта команда позволяет, например, на мощных GPU-системах запускать сразу несколько потоков, полностью утилизировать мощь какого-нибудь RTX 4090. Наталья, спасибо большое. Мне кажется, выпуск получился жутко интересным. Спасибо вам, что организовали все это интервью.